投稿者: たまい税理士事務所

　インボイス制度が始まって以降、中小企業・小規模事業者からは依然として「経理負担が重い」「消費税の負担が増えた」という声が多く聞かれます。
　こうした状況を踏まえ、2026（令和8）年度税制改正において仕入税額控除の経過措置が見直され、その適用期限が延長されました。
　今回は、免税事業者からの仕入に係る仕入税額控除の経過措置について、改正内容を確認します。

１．免税事業者からの仕入れに係る経過措置とは？

　インボイス制度の下では、インボイス（登録番号が記載された請求書等）が交付されない課税仕入れは、買い手側で仕入税額控除をすることができません。

　免税事業者はインボイスを発行することができませんので、免税事業者との取引の縮小や廃止を考える事業者が出てくる可能性があります。

　このような事態を避けるため、免税事業者からの仕入れであっても、一定期間は一定割合の控除を認める「経過措置」が設けられました。

　具体的には、インボイス制度が導入された2023（令和5）年10月1日から2026（令和8）年9月30日までの3年間は仕入税額の8割控除を認め、2026（令和8）年10月1日から2029（令和11）年9月30日までの3年間は5割控除を認めるというものでした。

２．改正後の控除割合の推移

　今回の税制改正により、控除割合の引下げペースが緩和され、次のように段階的に縮小されることとなりました。

　改正前は「8割→5割」という2段階の縮小が予定されていましたが、改正後は「8割→7割→5割→3割」という4段階の縮小になり、 買い手側の負担増のペースが緩和されました。

３．年間適用上限額の引下げ

　経過措置の濫用防止の観点から、経過措置の対象となる免税事業者ごとの課税仕入れの合計額に係る制限も改正されています。

　改正前は、一の免税事業者から行う経過措置の対象となる課税仕入れの額の合計額がその年又はその事業年度で税込み10億円を超える場合には、その超えた部分の課税仕入れについて経過措置は適用できませんでした。

　今回の改正で、税込み10億円という年間適用上限額が、税込み1億円に引き下げられました。

　この改正も、2026（令和8）年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。

　消費税の申告方法には、仕入控除税額について実額で計算する「本則課税」、業種ごとに決められたみなし仕入率を用いて仕入控除税額を計算する「簡易課税」、売上税額の2割を納税額として計算する「2割特例」、売上税額の3割を納税額として計算する「3割特例」があります。

　これらのうち、2割特例は2026（令和8）年9月30日の属する課税期間の末日を以って終了し、3割特例は個人事業者限定で2027（令和9）年分と2028（令和10）年分の消費税申告で適用することができます。

　2割特例と3割特例については事前の届出が不要で、適用を受ける旨を確定申告書に付記することで適用できますが、簡易課税は、原則として適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出する必要があります。

　しかし、2割特例や3割特例の適用を受けた課税期間の翌課税期間に簡易課税の適用を受ける場合は、「消費税簡易課税制度選択届出書の提出に係る特例」が設けられており、必ずしも適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに提出する必要はありません。

　2割特例・3割特例の適用を受けた課税期間の翌課税期間であれば、簡易課税制度選択届出書を事前（簡易課税の適用を受けようとする課税期間の初日の前日まで）に提出していないときでも、簡易課税の適用を受けることができます。

　2割特例・3割特例の適用を受けたインボイス発行事業者が、その適用を受けた課税期間の翌課税期間に係る確定申告期限まで_※に、その翌課税期間から簡易課税制度の適用を受ける旨を記載した簡易課税制度選択届出書を提出した場合には、その翌課税期間から簡易課税の適用を受けることができます（消費税簡易課税制度選択届出書の提出に係る特例）。

　例えば、、令和8年分まで2割特例で申告を行っていた個人事業者が、翌年分（令和9年分）は3割特例で申告しようとしていたところ、3割特例より簡易課税の方が有利であることが判明した場合は、令和9年分から簡易課税制度の適用を受ける旨を記載した簡易課税制度選択届出書を令和9年分の消費税確定申告期限（令和10年3月31日）まで_※に提出すれば、令和9年分から簡易課税制度の適用を受けることができます。

　また、令和10年分まで3割特例で申告を行っていた個人事業者が、翌年分（令和11年分）の申告を簡易課税で行う場合は、令和11年分から簡易課税制度の適用を受ける旨を記載した簡易課税制度選択届出書を令和11年分の消費税確定申告期限（令和12年4月1日）までに提出すれば、令和11年分から簡易課税制度の適用を受けることができます。

※ 赤文字部分が改正で変わった箇所です。改正前は、「その適用を受けた課税期間の翌課税期間の末日」とされていました（令和9年分の消費税申告を簡易課税で行う場合は、令和9年12月31日までに選択届出書を提出しないと、令和9年分の申告を簡易課税で行うことはできないとされていました）。

　2023（令和5）年10月1日に導入されたインボイス制度は、多くの事業者に影響を及ぼしています。
　特に、本来は免税事業者であるにもかかわらず、インボイス制度の導入を機にインボイス発行事業者の登録をして課税事業者となった事業者の負担は大きいといえます。

　このような事業者の税負担や事務負担を軽減するために、簡易課税制度と基本的には同じ計算構造である「2割特例」が設けられましたが、2026（令和8）年9月30日に期限を迎えます。

　そこで、引き続き小規模事業者の負担に配慮した「3割特例」が、2026（令和8）年度税制改正で設けられました。

　3割特例は個人事業者のみが適用可能（法人は適用不可）であり、かつ、2027（令和9）年分と2028（令和10）年分の消費税申告においてのみ適用可能となっています_※。

　今回は、「3割特例」と簡易課税制度について、税負担と事務負担の両面から比較を行います。

※ 3割特例については、「2割特例が終われば個人事業者限定で3割特例あり（令和8年度税制改正）」をご参照ください。

１．納税額の計算上どちらが有利か？

　3割特例は売上税額の3割を納税額とするものですが、具体的には簡易課税制度と同様に以下のように計算します。

　消費税納税額＝課税売上げに係る消費税額－課税売上げに係る消費税額×70％

　簡易課税制度におけるみなし仕入率は、事業区分に応じて下表のように定められていますが、3割特例は、簡易課税制度におけるみなし仕入率を事業区分にかかわらず一律に70％とすることと同義です。

　したがって、下表の第4種から第6種に該当する事業のうち1種類の事業のみを行う場合は、簡易課税制度よりも「3割特例」の方が納税額が少なくなり有利となります（第3種に該当する事業のみを行う場合は、簡易課税制度のみなし仕入率70％＝3割特例の70％となり、両者の納税額は同額となります）。

　第1種から第6種に該当する事業のうち2種類以上の事業を行う場合は、簡易課税制度のみなし仕入率と3割特例の70％を比較して、どちらか有利な方を適用します。

　例えば、第1種と第2種に該当する事業を行っている場合は、簡易課税制度のみなし仕入率は必ず80％以上となりますので、簡易課税制度の方が3割特例よりも納税額が少なく有利となります。

　一方、第5種と第6種に該当する事業を行っている場合は、簡易課税制度のみなし仕入率が50％を上回ることはありませんので、3割特例の方が簡易課税制度よりも納税額が少なく有利となります。

　つまり、みなし仕入率が70％を上回れば簡易課税制度が有利になり、下回れば3割特例が有利になります。

２．事務負担は3割特例が有利

　納税額の計算上、3割特例と簡易課税制度のどちらが有利になるかについては上記１のとおりですが、事務負担の軽減という点では、簡易課税制度よりも3割特例の方が有利になります。

　3割特例も簡易課税制度も納税額の計算にインボイスは必要ないという点では同じですが、3割特例は一律70％の仕入税額控除を行うため、簡易課税制度のようにどの事業に該当するかという事業区分の判定をする必要がありません。
　したがって、適用税率毎（軽減税率8％と標準税率10％）の売上税額を把握するだけで納税額の計算ができます。

　また、簡易課税制度の適用を受ける場合には、原則として事前に簡易課税制度選択届出書の提出が必要ですが、3割特例の場合は事前の届出は不要であり、申告書に設けられた記載欄に3割特例の適用を受ける旨を付記するだけです。

　さらに、3割特例には2年間の継続適用要件（いわゆる2年縛り）もありません。

　以上のことから、事務負担軽減という面では、3割特例の方が簡易課税制度よりも有利となります。

　インボイス制度の導入により、免税事業者から課税事業者へ移行した個人事業者の負担は大きく増えました。

　このような元・免税事業者（本来は免税事業者ですが取引先との関係などによりインボイス発行事業者の登録をして課税事業者になった人）の税負担や事務負担を軽減するために、インボイス制度導入と同時に「2割特例」が設けられましたが、2026（令和8）年9月30日で期限を迎えます。

　そこで、2割特例が終わった後の税負担・事務負担を軽減するために、2026（令和8）年度税制改正で「3割特例」が個人事業者限定で設けられました（法人は3割特例を適用できません）。

　今回は、新たに設けられた3割特例について確認します。

１．3割特例とは？

　3割特例とは、インボイス発行事業者の登録を受けたことにより免税事業者から課税事業者となった個人事業者が、令和９年分・令和10年分の消費税の確定申告において納付税額を売上税額の3割（仕入割合を7割とみなす）とすることができる特例です。

　例えば、売上に係る消費税額が100万円であれば、納付税額は100万円×30％＝30万円となり、原則課税のような複雑な仕入税額控除の計算を行う必要はありません。

　また、仕入税額控除を行うにあたって、インボイスの保存が不要とされていることから、事務負担は大きく軽減されることになります_※。

　一方、税負担については、軽減される場合もあればそうでない場合もあります（業種や設備投資の状況、仕入税額控除の方法（原則課税と簡易課税）により異なります）_※。

※ 3割特例の事務負担と税負担については、「3割特例と簡易課税制度はどちらが有利か？」をご参照ください。

２．3割特例の適用要件

　3割特例を適用するための主な要件は次のとおりです。

(1) 個人事業者であること
(2) 基準期間_※の課税売上高が1,000万円以下であること
(3) 特定期間_※の課税売上高が1,000万円以下であること
(4) インボイス発行事業者の登録を受けていること　など

※ 基準期間とは、適用を受ける年の2年前をいい、例えば令和9年分の申告においては令和7年、令和10年分の申告においては令和8年が基準期間となります。
　特定期間とは、適用を受ける年の前年1月～6月をいい、例えば令和9年分の申告においては令和8年1月～6月、令和10年分の申告においては令和9年1月～6月が特定期間となります。なお、特定期間の課税売上高に代えて、給与等支払額の合計額により判定することもできます。

　3割特例は、インボイス発行事業者への登録を機に免税事業者から課税事業者になった個人事業者に適用されます。
　そのため、次の場合は3割特例を適用できません（主なものを挙げます）。

(1) 法人
(2) インボイス発行事業者ではない課税事業者
(3) 基準期間の課税売上高が1,000万円を超える場合
(4) 調整対象固定資産や高額資産の取得により免税事業者とならない場合
(5) 課税期間の特例の届出により課税期間を短縮している場合　など

３．3割特例終了後

　3割特例は、インボイス制度によって新たに課税事業者となった個人事業者にとって、負担を大幅に軽減する強力な支援策です。
　特に、仕入税額控除の計算が煩雑な業種や、経理体制が十分でない小規模個人事業者にとっては、実務面でのメリットが大きい制度といえます。
　
　一方で、3割特例はあくまでも令和9年分・令和10年分に限定された時限措置です。
　 その後の課税方式について、簡易課税を選択するか、原則課税に戻すかなど、事業の実態に応じた検討が必要です。　

　インボイス制度は、今後も段階的に見直しが続く可能性がありますので、最適な選択を行うためにも制度の変化を正しく理解することが重要です。