インボイス制度に関する申請書等には、例えば「適格請求書発行事業者の登録申請書」や「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書」などがありますが、これらを書面で提出する場合の提出先が以下のように変わります。
１．令和8年9月23日（水）までの提出先
これまでと同様、管轄の各国税局（沖縄国税事務所）のインボイス登録センターに提出（郵送）します。
インボイス登録センターの所在地（提出先）については、国税庁ホームページ（各局（所）インボイス登録センターのご案内）に掲載されていますが、札幌国税局インボイス登録センターについては、2026（令和8）年7月13日（月）に移転していますので、提出の際はご注意ください。
２．令和8年9月24日（木）以降の提出先
管轄の各国税局（沖縄国税事務所）の業務センターに提出（郵送）します。
業務センターの所在地（提出先）についても、国税庁ホームページ（税務署の内部事務のセンター化について）に掲載されています。
なお、2026（令和8）年7月10日（金）から、全税務署が内部事務のセンター化の対象署となっています。
３．インボイス制度に関する申請書等の様式変更
2026（令和8）年6月以降、インボイス制度に関する申請書等を含む国税関係の各種様式が順次変更されます※。
変更後においては、新様式（AI‐OCR様式）により提出（郵送）します。
※ 紙で提出される申告書や申請書を自動でデータ化する「AI‐OCR」の本格運用が開始されます。
これに伴い、AI‐OCRで文字や数字の読み取りを行うため、一部の書面申告書等についてレイアウトが変更されます。
４．e-Taxによる提出の場合
インボイス関係の申請書等を書面により提出する場合は上記１～３のとおりですが、e-Taxにより提出する場合の提出先については、特に意識する必要はありません。
e‑Taxで送信すれば、提出先は自動処理されます（自動的に正しい部署へ届きます）。
なお、国税庁では、2026（令和8）年9月24日（木）に国税システムの更改（ＫＳＫ（国税総合管理）からＫＳＫ２へ移行）を予定しています。
ＫＳＫ２の導入に伴い、2026（令和8）年9月19日（土）０時から同年9月24日（木）8時30分の間においてはe-Taxが利用できませんのでご注意ください。