１．全員分が損金不算入となるか？
事前確定届出給与として当該事業年度の損金の額に算入される給与は、所定の時期に確定した額の金銭等を支給する旨の定めに基づいて支給するもの、すなわち、支給時期、支給金額が事前に確定し、実際にもその定めのとおりに支給される給与に限られます。
したがって、所轄税務署長へ届け出た支給額と実際の支給額が異なる場合には、事前確定届出給与に該当しないこととなり、損金不算入となります。
では、複数人に支給する事前確定届出給与について、ある人（役員A）には届出通りに支給をし、ある人（役員B）には届出通りに支給をしなかった場合はどうなるのでしょうか？
届出通りに支給しなかった役員Bに対する給与が損金算入されないことは明白ですが、この場合、会社全体として事前確定届出給与を届出通りに支給していないことになりますので、届出通りに支給した役員Aに対する給与も損金不算入となるのでしょうか？
２．他の役員への影響はない
結論を先に述べると、届出通りに支給した役員Aに対する事前確定届出給与は損金算入されます。
法人税法第34条第1項第2号では、「その役員の職務につき所定の時期に確定した額の金銭又は確定した数の株式（出資を含みます）、新株予約権、確定した額の金銭債権に係る特定譲渡制限付株式又は特定新株予約権を交付する旨の定めに基づいて支給する給与」と規定しており、個々の役員に係る給与について規定しているものであることから、「その役員（役員B）」以外の他の役員（役員A）に対する給与に影響を与えるものとはなっていません。
したがって、役員Bに対して届出書の記載額と異なる金額の役員給与を支給したとしても、そのことを理由として、役員B以外の他の役員に対して支給した役員給与が損金不算入になることはありません。
※ 事前確定届出給与に関する基本的な注意点については本ブログ記事「事前確定届出給与の提出期限と支給額の注意点」を、複数回支給の取扱いについては「事前確定届出給与（複数回支給）を届出通りに支給しなかった場合」をご参照ください。