電車やバスなどの交通機関を利用している役員や従業員に対して支給する通勤手当は、月額15万円以下であれば所得税および復興特別所得税（以下「所得税等」といいます）が非課税となっています※。
一方、電車やバスなどの交通機関を利用せずに、マイカー等の交通用具で通勤する場合の通勤手当にも、所得税等の非課税限度額が設けられています。
このマイカー等で通勤する場合の非課税限度額が、改正により引き上げられました。
以下では、改正後の非課税限度額について確認します。
※ 通勤手当を区分せず給与に含めて支給する場合については、「交通費込み給与の交通費部分は確定申告でも非課税にできない」をご参照ください。
１．電車やバスなどの交通機関で通勤している場合（改正なし）
電車やバスなどの交通機関を利用して通勤している場合の非課税限度額は、月額15万円以下とされています。
これは、通勤のための運賃・時間・距離等の事情に照らして、最も経済的かつ合理的な経路および方法で通勤した場合の通勤定期券などの金額です。
新幹線や特急列車を利用した場合の運賃等の額も、その通勤方法や経路が「最も経済的かつ合理的な経路および方法」に該当する場合は非課税の通勤手当に含まれますが、グリーン料金は最も経済的かつ合理的な通勤経路および方法のための料金とは認められないため、非課税の通勤手当に含まれません。
したがって、通勤手当が月額15万円以下だったとしても、そこにグリーン料金が含まれている場合は、グリーン料金部分については給与として課税されます。
２．マイカーや自転車などで通勤している場合（改正あり）
2025（令和7）年11月19日に所得税法施行令の一部を改正する政令が公布され、マイカーや自転車などの交通用具を使用して通勤している人に支給する通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。
この改正は、2025（令和7）年11月20日に施行され、2025（令和7）年4月1日以後に支払われるべき通勤手当について適用されます※。
マイカーや自転車などの交通用具を使用して通勤している場合の1か月当たりの非課税限度額は、片道の通勤距離（通勤経路に沿った長さ）に応じて定められています。
改正後の1か月当たりの非課税限度額は、次のとおりです。
| 片道の通勤距離 | 1か月当たりの非課税限度額 | |
|---|---|---|
| 改正後 | 改正前 | |
| 2キロメートル未満 | 全額課税 | 同左 |
| 2キロメートル以上10キロメートル未満 | 4,200円 | 同左 |
| 10キロメートル以上15キロメートル未満 | 7,300円 | 7,100円 |
| 15キロメートル以上25キロメートル未満 | 13,500円 | 12,900円 |
| 25キロメートル以上35キロメートル未満 | 19,700円 | 18,700円 |
| 35キロメートル以上45キロメートル未満 | 25,900円 | 24,400円 |
| 45キロメートル以上55キロメートル未満 | 32,300円 | 28,000円 |
| 55キロメートル以上 | 38,700円 | 31,600円 |
上表の1か月当たりの非課税限度額を超えて通勤手当を支給する場合は、超える部分の金額が給与として課税されます。
※ 改正後の非課税限度額は、2025（令和7）年4月1日以後に支払われるべき通勤手当について適用されますが、次に掲げる通勤手当については、改正後の非課税限度額は適用されません。
(1) 令和7年3月31日以前に支払われた通勤手当
(2) 令和7年3月31日以前に支払われるべき通勤手当で同年4月1日以後に支払われるもの
(3) (1)又は(2)の通勤手当の差額として追加支給されるもの
なお、改正前に既に支払われた通勤手当については、改正前の非課税限度額を適用したところで所得税等の源泉徴収が行われていますが、改正後の非課税限度額を適用した場合に過納となる税額がある場合には、令和7年分の年末調整の際に精算することになります。
ただし、次に該当する人については、令和7年分の年末調整での精算は不要です。
イ．既に支払われた通勤手当が改正前の非課税限度額以下である人
ロ．年の中途に退職した人など令和7年分の年末調整の際に精算する機会のない人（確定申告により精算します）
３．交通機関とマイカー等を併用して通勤している場合（改正なし）
電車やバスなどの交通機関とマイカーや自転車などの交通用具を併用して通勤している場合は、両者の合計額が月額15万円までなら所得税等が非課税となります。
具体的には、次の(1)と(2)を合計した金額が月額15万円以内であれば、非課税の通勤手当となります。
(1) 電車やバスなどの交通機関を利用する場合の1か月間の通勤定期券などの金額
(2) マイカーや自転車などの交通用具を使用して通勤する片道の距離で定められている1か月当たりの非課税限度額（上記２参照）
例えば、自宅から自宅の最寄駅まではマイカーを使用し（片道距離10キロメートル）、自宅の最寄駅から勤務先の最寄駅までは電車を利用する（1か月定期券15,000円）場合は、7,300円＋15,000円＝22,300円が非課税の通勤手当となります。