2023年（令和5年）10月1日以降は、区分記載請求書等の保存に代えて、「適格請求書」等の保存が仕入税額控除の要件となります。
適格請求書とは、売手が買手に対し正確な適用税率や消費税額等を伝えるための手段であり、一定の事項が記載された請求書や納品書その他これらに類する書類をいいます。
１．適格請求書発行事業者の登録
適格請求書を交付できるのは、適格請求書発行事業者に限られます。適格請求書発行事業者となるためには、税務署長に「適格請求書発行事業者の登録申請書（以下、「登録申請書」といいます）」を提出し、登録を受ける必要があります。
なお、課税事業者でなければ登録を受けることはできません。
(1) 登録申請のスケジュール
登録申請書は2021年（令和3年）10月1日から提出できます。適格請求書等保存方式が導入される2023年（令和5年）10月1日に登録を受けようとする事業者は、2023年（令和5年）3月31日（特定期間における課税売上高が1,000万円を超えたことにより課税事業者となる事業者については同年6月30日。以下同じ）までに登録申請書を所轄税務署長に提出する必要があります。
ただし、2023年（令和5年）3月31日までに登録申請書を提出できなかったことにつき困難な事情がある場合において、2023年（令和5年）9月30日までの間に登録申請書にその困難な事情を記載して提出し、税務署長により適格請求書発行事業者の登録を受けたときは、2023年（令和5年）10月1日に登録を受けたこととみなされます。
なお、「困難な事情」については、その困難の度合いは問いません（インボイス通達5-2）※。
※ 2022（令和4）年12月23日に閣議決定された令和5年度税制改正大綱において、事業者の準備状況を考慮して、「困難な事情」の記載がなくても2023（令和5）年4月以降の申請ができるようになりました（詳細については、本ブログ記事「登録制度の見直しと手続きの柔軟化：インボイス制度負担軽減措置」をご参照ください）。
(2) 登録拒否要件
消費税法の規定に違反して罰金以上の刑に処せられ、その執行が終わり、又は執行を受けることがなくなった日から2年を経過しない者は、登録を受けることができません。
(3) 登録と通知
事業者から登録申請書の提出を受けた税務署長は、その事業者が登録拒否要件に該当しない場合には、適格請求書発行事業者登録簿に法定事項を記載して登録を行い、登録を受けた事業者に対して、その旨を書面で通知します。
(4) 登録の効力
登録の効力は、通知の日にかかわらず、適格請求書発行事業者登録簿に登載された日（登録日）に発生します。
(5) 登録の取消し
税務署長は、次の場合に適格請求書発行事業者の登録を取り消すことができます。
① 1年以上所在不明であること
② 事業を廃止したと認められること
③ 合併により消滅したと認められること
④ 消費税法の規定に違反して罰金以上の刑に処せられたこと
(6) 登録の取りやめ
適格請求書発行事業者には、事業者免税点制度は適用されません。したがって、適格請求書発行事業者は、基準期間における課税売上高及び特定期間における課税売上高が1,000万円以下となっても、取りやめの手続きを行わない限り免税事業者となることはできません。
適格請求書発行事業者が、納税地を所轄する税務署長に「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書（以下、「登録取消届出書」といいます）」を提出すると、適格請求書発行事業者の登録の効力は消滅します。
登録の効力が消滅する日は、次のとおりです。
| 登録取消届出書の提出日 | 登録の効力が失効する日 |
|---|---|
| 課税期間の末日から起算して30日前の日まで | 登録取消届出書の提出があった日の属する課税期間の翌課税期間の初日 |
| 課税期間の末日から起算して30日前の日から、その課税期間の末日までの間 | その提出があった日の属する課税期間の翌々課税期間の初日 |
※ 適格請求書発行事業者が事業を廃止し、「適格請求書発行事業者の事業廃止届出書」を提出した場合は、事業を廃止した日の翌日に登録の効力が失われます。
※ 2022（令和4）年12月23日に閣議決定された令和5年度税制改正大綱において、上表の30日前とあるのは15日前に改められました（詳細については、本ブログ記事「登録制度の見直しと手続きの柔軟化：インボイス制度負担軽減措置」をご参照ください）。
２．免税事業者の登録手続き
(1) 登録日が令和5年10月1日の属する課税期間の場合（経過措置の適用がある場合）
免税事業者は適格請求書発行事業者となることはできません。免税事業者が適格請求書発行事業者としての登録を受けるためには、「消費税課税事業者選択届出書」を提出し、課税事業者となる必要があります。
ただし、免税事業者が2023年（令和5年）10月1日の属する課税期間中に登録を受ける場合には、消費税課税事業者選択届出書を提出する必要はありません※1。
2023年（令和5年）3月31日までに登録申請書を提出すれば、登録拒否要件に該当しない限り2023年（令和5年）10月1日に登録され、適格請求書発行事業者である課税事業者となります※2。
なお、免税事業者の登録申請書の記載方法については、本ブログ記事「適格請求書発行事業者の登録申請書の書き方と記載例（R3.10.1～R5.9.30提出分）」をご参照ください。
※1 2022（令和4）年度税制改正で経過措置期間が延長され、2023（令和5）年10月１日から2029（令和11）年９月30日までの日の属する課税期間中に登録を受ける場合も登録申請書の提出のみで手続きが完了するため、消費税課税事業者選択届出書の提出は不要となりました。
※2 2022（令和4）年12月23日に閣議決定された令和5年度税制改正大綱において、2023（令和5）年4月以降の申請でも制度開始時に登録が可能となりました（詳細については、本ブログ記事「登録制度の見直しと手続きの柔軟化：インボイス制度負担軽減措置」をご参照ください）。
(2) 登録日が令和5年10月1日の属する課税期間の翌課税期間以降の場合
免税事業者が2023年（令和5年）10月1日の属する課税期間の翌課税期間以後に登録を受ける場合には、消費税課税事業者選択届出書及び登録申請書を提出する必要があります※1。
免税事業者が翌課税期間から課税事業者となることを選択し登録を受けようとする場合は、その翌課税期間の初日の前日から起算して1月前の日（登録日が1月1日であればその前年の11月30日）までに※2、消費税課税事業者選択届出書及び登録申請書を提出しなければなりません※1。
※1 2022（令和4）年度税制改正で経過措置期間が延長され、2023（令和5）年10月１日から2029（令和11）年９月30日までの日の属する課税期間中に登録を受ける場合も登録申請書の提出のみで手続きが完了するため、消費税課税事業者選択届出書の提出は不要となりました。
※2 2022（令和4）年12月23日に閣議決定された令和5年度税制改正大綱において、1月前の日が15日前の日に改められました（詳細については、本ブログ記事「登録制度の見直しと手続きの柔軟化：インボイス制度負担軽減措置」をご参照ください）。