2017年度（平成29年度）税制改正で、上場株式等の配当所得・譲渡所得について、所得税と住民税で異なる課税方式を選択できるようになりました。
※ 2023（令和5）年分の確定申告から、上場株式等の配当所得・譲渡所得に係る課税方式を所得税と一致させることになりました（所得税と住民税で異なる課税方式を選択することはできません）。
これにより扶養控除や配偶者控除等の適用、非課税判定、国民健康保険税の保険料算定など、各種行政サービスに影響する場合がありますのでご注意下さい。
１．上場株式等の配当所得の課税方式
上場株式等の配当所得については、所得税及び住民税ともに以下の課税方式を選択することができます。
(1) 申告不要
(2) 総合課税
(3) 申告分離課税
所得税の確定申告書において、上場株式等の配当所得を総合課税又は申告分離課税として申告した場合は、住民税も同様にその課税方式が適用されます。
しかし、納税通知書が送達される日までに、所得税の確定申告書とは別に住民税の申告書「上場株式等の配当・譲渡所得等の課税方式選択申告書」を提出することにより、所得税と異なる課税方式（申告不要、総合課税、申告分離課税）を選択することができます（例えば所得税は総合課税、住民税は申告不要など）。
２．上場株式等の譲渡所得の課税方式
また、上場株式等の譲渡所得については、所得税及び住民税ともに以下の課税方式を選択することができます。
(1) 申告不要
(2) 申告分離課税
この場合も、納税通知書が送達される日までに、所得税の確定申告書とは別に住民税の申告書を提出することにより、所得税と異なる課税方式（申告不要、申告分離課税）を選択することができます（例えば所得税は申告分離課税、住民税は申告不要など）。
３．住民税は申告不要が得策
申告した上場株式等の配当所得と譲渡所得は、住民税の非課税判定や社会保険料（国民健康保険料・後期高齢者医療保険料）算定の基準となる総所得金額や合計所得金額に含まれます。社会保険料（国民健康保険料・後期高齢者医療保険料）には、この住民税の課税所得に連動する「所得割」の仕組みがあるため、申告によって所得が増えれば社会保険料も増えるリスクがあります。
申告することで所得税の負担を軽減できても、社会保険料が増えれば、全体として負担増となる可能性があります。しかし、住民税を申告不要としておけば社会保険料には影響がありません。
したがって、住民税は申告不要を選択することが得策といえます。