消費税のインボイス制度は、適格請求書等保存方式として、2023年（令和5年）10月1日から導入されます。
インボイス制度の下では、適格請求書等の保存と帳簿の保存が仕入税額控除の要件とされているため、適格請求書発行事業者になることができない免税事業者が取引から排除される可能性があることが懸念されています。
そこで、激変緩和の趣旨から、インボイス制度導入後6年間は、免税事業者からの仕入れであっても一定割合の仕入税額控除が認められる措置が講じられています。
今回は、免税事業者からの仕入れに係る仕入税額控除の特例（経過措置）について確認します。
１．区分記載請求書等保存方式と適格請求書等保存方式の異同点
次の表は、区分記載請求書等保存方式と適格請求書等保存方式の記載事項等の異同点を比較したものです。
| 区分記載請求書等保存方式 | 適格請求書等保存方式 | |
|---|---|---|
| 期間 | 令和元年10月1日～令和5年9月30日 | 令和5年10月1日以降 |
| 帳簿 | ①課税仕入れの相手方の氏名又は名称 ②取引年月日 ③取引の内容（軽減対象資産の譲渡等である旨） ④対価の額 |
同左 |
| 請求書等 | ①請求書発行者の氏名又は名称 ②取引年月日 ③取引の内容（軽減対象資産の譲渡等である旨） ④税率ごとに区分して合計した税込対価の額 ⑤請求書受領者の氏名又は名称 |
①適格請求書発行事業者の氏名又は名称及び登録番号 ②取引年月日 ③取引の内容（軽減対象資産の譲渡等である旨） ④税率ごとに区分して合計した対価の額（税抜き又は税込み）及び適用税率 ⑤税率ごとに区分した消費税額等 ⑥請求書受領者の氏名又は名称 |
| 税額控除 | 免税事業者からの仕入れも控除可 | 免税事業者からの仕入れは控除不可 |
２．免税事業者からの仕入れは控除不可
現行の区分記載請求書等保存方式の下では事業者登録制度がないため、取引相手が課税事業者であるか免税事業者であるかを知ることはできません。そのため、免税事業者や消費者からの仕入れであっても、その取引が課税仕入れに該当するのであれば仕入税額控除が認められています。
一方、適格請求書等保存方式は事業者登録制度を基礎としているため、適格請求書発行事業者になることができない免税事業者は、請求書等に登録番号を記載することができません。そのため、課税仕入れを行った事業者は、登録番号の記載のない請求書等を受け取ることによって、取引相手が免税事業者であることを知ります。
適格請求書等が交付されない課税仕入れは、仕入税額控除の対象から除外しなければなりませんので、課税事業者は消費税の計算上不利となる免税事業者との取引を控える可能性があります。
３．免税事業者からの仕入れに係る仕入税額控除の特例（経過措置）
上記のように、インボイス制度導入後は免税事業者が取引から排除される可能性がありますが、激変緩和の趣旨から、導入後6年間は適格請求書等保存方式において仕入税額控除が認められない課税仕入れであっても、区分記載請求書等保存方式において仕入税額控除の対象となるものについては、次の割合で仕入税額控除が認められます。
| 期間 | 割合 |
|---|---|
| 令和5年10月1日から令和8年9月30日までの3年間 | 仕入税額相当額の 80％ |
| 令和8年10月1日から令和11年9月30日までの3年間 | 仕入税額相当額の 50％ |
この経過措置の適用を受けるためには、帳簿に経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨を記載しておかなければなりません。また、区分記載請求書等と同様の記載事項が記載された請求書等の保存が必要です。
なお、この経過措置はあくまでも激変緩和措置であって、免税事業者が取引から排除される懸念は残ります。
※ 2024（令和6）年度税制改正により、一の免税事業者等から行う当該経過措置の対象となる課税仕入れの額の合計額がその年又はその事業年度で税込み10億円を超える場合には、その超えた部分の課税仕入れについて、本経過措置は適用できないこととする見直しが行われました。
この改正は、2024（令和6）年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。