課税売上げに係る消費税の額から控除する仕入控除税額を個別対応方式により計算する場合は、課税売上げと非課税売上げに共通して要する課税仕入れ等に係る消費税額に、原則として課税売上割合を乗じて計算します。
しかし、課税売上割合により計算した仕入控除税額がその事業の実態を反映していないなど、課税売上割合により仕入控除税額を計算するよりも、課税売上割合に準ずる割合によって計算する方が合理的である場合には、課税売上割合に代えて課税売上割合に準ずる割合によって仕入控除税額を計算することができます。
１．適用と不適用の手続き
(1) 適用の承認申請
課税売上割合に準ずる割合を適用するには、納税地の所轄税務署長に「消費税課税売上割合に準ずる割合の適用承認申請書」を提出して、適用しようとする課税期間の末日までに税務署長の承認を受ける必要があります※。
※ 2021（令和3）年度税制改正により、課税売上割合に準ずる割合の適用開始時期の見直しが行われました。これまでは、課税売上割合に準ずる割合の適用を受ける場合、税務署長の承認を受けた日の属する課税期間から適用することとされていましたが、2021（令和3）年4月1日以後に終了する課税期間から、適用を受けようとする課税期間の末日までに承認申請書を提出し、同日（課税期間の末日）の翌日から同日以後1月を経過する日までの間に税務署長の承認を受けた場合、当該承認申請書を提出した日の属する課税期間から適用されることとなりました（2021（令和3）年4月1日更新）。
(2) 不適用の届出
納税地の所轄税務署長に「消費税課税売上割合に準ずる割合の不適用届出書」を提出すれば、提出した日の属する課税期間から、課税売上割合に準ずる割合の適用をやめることができます。
２．課税売上割合に準する割合の適用範囲と算定方法
(1) 適用範囲
課税売上割合に準ずる割合を適用する場合、すべての事業について同一の割合を使うこともできますが、次のように一定の単位ごとに異なる割合を適用することができます。
① 事業の種類の異なるごと
② 事業所の単位ごと
③ 販売費一般管理費、その他の費用の種類ごと
また、課税売上割合に準ずる割合は、通常の課税売上割合と併用することもできます。
(2) 算定方法
課税売上げと非課税売上げに共通して要する課税仕入れ等の性質に応じた合理的な基準（使用人（従業員）の数又は従事日数、消費又は使用する資産の価額、使用数量、使用面積の割合など）により算定します。
具体的な計算方法と注意点は次のとおりです。
① 従業員割合
従業員割合は、従業員数に比例して支出されると認められるものについて適用でき、次の計算式で算定します。
従業員割合＝課税業務従業員数÷（課税業務従業員数＋非課税業務従業員数）
イ．従業員数を課税資産の譲渡等と非課税資産の譲渡等に係る業務ごとに区分できることが前提です。
課税業務従業員数とは課税資産の譲渡等のみに従事する従業員数をいい、非課税業務従業員数とは非課税資産の譲渡等のみに従事する従業員数をいいます。
ロ．従業員数は、原則として課税期間の末日の現況によります。課税期間の末日における従業員数が課税期間における実態と異なるなど、事業の実態を反映しないものであるときは、課税期間中の各月末の平均数値等によることができます。
ハ．課税・非課税の双方の業務に従事する従業員については、原則として、この割合の計算上、分母・分子のいずれにも含めません。
ただし、事務日報等により課税・非課税の双方の業務に従事する従業員全員の従事日数が記録されていて、この記録により従業員ごとの従事日数の割合が計算できる場合は、その割合により各業務に按分することは認められます。
ニ．例えば、建設会社の海外工事部門の従業員など国外取引のみに従事する従業員については、この割合の計算上、分母・分子のいずれにも含めません。
ホ．法人の役員（非常勤役員を除きます）も従業員に含めて取扱います。アルバイト等についても、従業員と同等の勤務状況にある場合には、従業員に含めて取扱います。
ヘ．本店・支店ごと又は事業部門ごとにそれぞれの従業員割合を適用することは認められます。
② 事業部門ごとの割合
独立採算制の対象となっている事業部門や独立した会計単位となっている事業部門や支店については、事業部門ごと、支店ごとの割合を課税売上割合に準ずる割合とすることができます。
事業部門ごとの割合＝事業部門ごとの課税売上高÷（事業部門ごとの課税売上高＋事業部門ごとの非課税売上高）
イ．事業部門ごとに、その事業部門に係る課税売上高と非課税売上高を基礎として、課税売上割合と同様の方法により割合を求めます。
ロ．総務、経理部門等の事業を行う部門以外の部門については、この割合の適用は認められません。
ハ．経理、総務部門等の共通対応分の消費税額すべてを各事業部門の従業員数比率等適宜の比率により事業部門に振り分けた上で、事業部門ごとの課税売上割合に準ずる割合により按分する方法も認められます。
③ 床面積割合
床面積割合は、専用床面積に比例して支出されると認められるものについて適用でき、次の計算式で算定します。
床面積割合＝課税業務専用床面積÷（課税業務専用床面積＋非課税業務専用床面積）
イ．床面積を課税資産の譲渡等と非課税資産の譲渡等に係る業務ごとに区分できることが前提です。
ロ．計算の基礎となる床面積は、原則として課税期間の末日の現況によります。課税期間の末日における床面積が課税期間における実態と異なるなど事業の実態を反映しないものであるときは、課税期間中の各月末の平均数値等によることができます。
ハ．課税・非課税の双方の業務で使用する専用床面積については、原則として、この割合の計算上、分母・分子のいずれにも含めません。
ニ．本店・支店ごと又は事業部門ごとにそれぞれの床面積割合を適用することは認められます。
④ 取引件数割合
取引件数割合は、取引件数に比例して支出されると認められるものについて適用でき、次の計算式で算定します。
取引件数割合＝課税資産の譲渡等に係る取引件数÷（課税資産の譲渡等に係る取引件数＋非課税資産の譲渡等に係る取引件数）
イ．取引件数を課税資産の譲渡等と非課税資産の譲渡等に係る件数に区分できることが前提です。
ロ．本店・支店ごと又は事業部門ごとにそれぞれの取引件数割合を適用することは認められます。
３．適用上の注意点
(1) 課税売上割合に準ずる割合は、個別対応方式により仕入控除税額を計算している場合のみ適用することができます。
(2) 適用を受けるときは、適用しようとする課税期間の末日までに承認申請書を提出するだけではなく、税務署長による承認を受けておく必要があります（みなし承認はありません）※。承認審査には一定の時間が必要ですので、当該申請書は余裕をもって提出してください。
※ 2021年度（令和3年度）税制改正により、課税売上割合に準ずる割合の適用開始時期の見直しが行われ、次のようになります。
「消費税の仕入控除税額の計算について、課税売上割合に準ずる割合を用いようとする課税期間の末日までに承認申請書を提出し、同日の翌日以後1月を経過する日までに税務署長の承認を受けた場合には、当該承認申請書を提出した日の属する課税期間から課税売上割合に準ずる割合を用いることができることとする。」（2021年（令和3年）1月25日更新）
(3) 承認又は届出のあった課税期間から適用又は不適用となります。また、継続適用は強制されませんので、一課税期間でやめることができます。
(4) 課税売上割合に準ずる割合の承認を受けると、課税売上割合を適用した方が有利となる場合でも、不適用の届出書を提出しない限り、必ず課税売上割合に準ずる割合を適用しなければなりません。ただし、承認を受けた課税仕入れ等以外のものについては、課税売上割合を使用します。
(5) 課税売上割合に準ずる割合の承認を受けている場合でも、全額控除できるかどうかの95％以上の判定は、課税売上割合によって行わなければなりません（準ずる割合が95％以上であっても、課税売上割合が95％未満なら全額控除はできません）。
(6) たまたま土地を譲渡したことにより、その課税期間の課税売上割合が低くなった場合には、前課税期間の課税売上割合と前3年の課税期間の通算課税売上割合を比較して、小さい方を課税売上割合に準ずる割合として用いることができます。