１．簡易課税の適用変更は現行法に特例あり
新型コロナウイルスの感染拡大に伴う緊急経済対策の税制措置では、消費税の課税事業者選択の変更に係る特例が設けられました。
この特例では、新型コロナの影響を受けている事業者（法人・個人）が一定の要件を満たすときは、税務署に申請し承認を受けることによって、課税期間開始後であっても課税事業者を選択する又はやめることができます。
一方、簡易課税制度については緊急経済対策に盛り込まれていませんが、簡易課税制度の適用変更については、もともと現行法（消費税法第 37 条の2）において、「災害その他やむを得ない理由が生じたことにより被害を受けた場合」の特例が設けられています。
今回の新型コロナウイルス感染症は、この「災害その他やむを得ない理由」に該当します。したがって、新型コロナウイルス感染症の影響による被害を受けたことにより、簡易課税制度の適用を受ける又はやめる必要が生じた場合、税務署長の承認を受けることにより、その被害を受けた課税期間から、簡易課税制度の適用を受ける又はやめることができます。
２．簡易課税の適用変更の手続き
今回の新型コロナウイルス感染症等の影響による被害を受けたことで、 例えば、
・ 通常の業務体制の維持が難しく、事務処理能力が低下したため簡易課税へ変更し たい
・ 感染拡大防止のために緊急な課税仕入れが生じたため一般課税へ変更したい※1
などの事情がある事業者は、納税地の所轄税務署長の承認を受けることにより、課税期間の開始後であっても、簡易課税制度を選択する又は選択をやめることができます。
※1 「感染拡大防止のための緊急な課税仕入れ」とは、例えば次のようなものです。
・ 社員を分散して勤務させるため、別の事務所を緊急で借り上げた
・ 感染予防のため、パーティションを設置するなど増設工事を行った
・ 消毒液やマスクなどの衛生用品を大量に購入した
この簡易課税制度の特例を受けるためには、新型コロナウイルス感染症等の影響による被害がやんだ日から2月以内※2に「災害等による消費税簡易課税制度選択（不適用）届出に係る特例承認申請書※3」と併せて、「消費税簡易課税制度選択（不適用）届出書」を納税地の所轄税務署長に提出する必要があります。
※2 被害のやんだ日がその申請に係る課税期間の末日の翌日（個人事業者の場合は、その末日の翌日から1月を経過した日）以後に到来する場合には、その課税期間に係る確定申告書の提出期限（国税通則法第11条の規定の適用により申告期限等の延長を受けている場合にはその延長された期限）となります。
※3 「災害等による消費税簡易課税制度選択（不適用）届出に係る特例承認申請書」の様式については国税庁ホームページを参照してください。
なお、この特例の適用を受ける場合、2年間の継続適用要件は適用されません。また、 調整対象固定資産や高額特定資産等を取得した場合の「消費税簡易課税制度届出書」の提出制限も適用されません。