役員や従業員などの給与所得者に対して通常の給与に加算して支給する通勤手当は、月額15万円以下であれば所得税および復興特別所得税（以下「所得税等」といいます）が非課税となっています※。
しかし、この月額15万円というのは、電車やバスなどの交通機関を利用している場合の非課税限度額であり、マイカー等で通勤する場合は非課税限度額が変わります。
また、交通機関とマイカーを併用して通勤している場合の非課税限度額にも注意が必要です。
以下では、通勤手当の非課税限度額について確認します。
※ 通勤手当を区分せず給与に含めて支給する場合については、本ブログ記事「交通費込み給与の交通費部分は確定申告でも非課税にできない」をご参照ください。
１．電車やバスなどの交通機関で通勤している場合
電車やバスなどの交通機関を利用して通勤している場合の非課税限度額は、月額15万円とされています。これは、通勤のための運賃・時間・距離等の事情に照らして、最も経済的かつ合理的な経路および方法で通勤した場合の通勤定期券などの金額です。
新幹線や特急列車を利用した場合の運賃等の額も、その通勤方法や経路が「最も経済的かつ合理的な経路および方法」に該当する場合は非課税の通勤手当に含まれますが、グリーン料金は最も経済的かつ合理的な通勤経路および方法のための料金とは認められないため、非課税の通勤手当に含まれません。
したがって、通勤手当が月額15万円以内だったとしても、そこにグリーン料金が含まれている場合は、グリーン料金部分については給与として課税されます。
つまり、給与の額にグリーン料金を合算して所得税等の源泉徴収を行うことになります。
２．マイカーや自転車などで通勤している場合
マイカーや自転車などを使用して通勤している場合の1か月当たりの非課税限度額は、片道の通勤距離（通勤経路に沿った長さです）に応じて、次のように定められています。
| 片道の通勤距離 | 1か月当たりの非課税限度額 |
|---|---|
| 2キロメートル未満 | 全額課税 |
| 2キロメートル以上10キロメートル未満 | 4,200円 |
| 10キロメートル以上15キロメートル未満 | 7,100円 |
| 15キロメートル以上25キロメートル未満 | 12,900円 |
| 25キロメートル以上35キロメートル未満 | 18,700円 |
| 35キロメートル以上45キロメートル未満 | 24,400円 |
| 45キロメートル以上55キロメートル未満 | 28,000円 |
| 55キロメートル以上 | 31,600円 |
上表の1か月当たりの非課税限度額を超えて通勤手当を支給する場合は、超える部分の金額が給与として課税されます。
したがって、その超える部分の金額は、通勤手当を支給した月の給与の額に上乗せして、所得税等の源泉徴収を行います。
３．交通機関とマイカー等を併用して通勤している場合
電車やバスなどの交通機関とマイカーや自転車などを併用して通勤している場合は、両者の合計額が月額15万円までなら所得税等が非課税となります。
具体的には、次の(1)と(2)を合計した金額が月額15万円以内であれば、非課税の通勤手当となります。
(1) 電車やバスなどの交通機関を利用する場合の1か月間の通勤定期券などの金額
(2) マイカーや自転車などを使用して通勤する片道の距離で決まっている1か月当たりの非課税となる限度額（上記２参照）
例えば、自宅から自宅の最寄駅まではマイカーを使用し（片道距離3キロメートル）、自宅の最寄駅から勤務先の最寄駅までは電車を利用する（1か月定期券15,000円）場合は、4,200円＋15,000円＝19,200円が非課税の通勤手当となります。