１．寄附金控除の概要
個人が国や地方公共団体、公益社団法・公益財団法人などに「特定寄附金」を支払った場合には、寄附金控除として所得から控除することができます。
特定寄附金とは、以下のものをいいます。
(1) 国、地方公共団体に対する寄附金
(2) 公益社団法人、公益財団法人その他公益を目的とする事業を行う法人又は団体に対する寄附金のうち財務大臣が指定したもの
(3) 特定公益増進法人に対する寄附金
(4) 特定公益信託に支出した金銭
(5) 政治活動に関する寄附金
(6) 認定特定非営利活動法人（いわゆる認定NPO法人）に対する寄附金
(7) 特定新規株式を払込みにより取得した場合の取得金額（1,000万円が限度）
なお、上記(3)のうち公益社団法人・公益財団法人、私立学校法人（学校の設置等を主たる目的とする法人）、社会福祉法人、更正保護法人に対するもの、(5)のうち政党、政治資金団体に対するもの、(6)については、寄附金控除（所得控除）に代えて税額控除を選択することができます。
寄附金控除額は、次の算式で計算します。
(1) 寄附金の金額－2,000円
(2) 総所得金額等×40％－2,000円
(3) 寄附金控除額（(1)と(2)の金額のいずれか少ない方の金額）
上記算式の総所得金額等とは、純損失、雑損失、その他の各種損失の繰越控除後の申告書第一表の所得の合計額、申告書第三表の株式等に係る譲渡所得等の金額、上場株式等の配当所得等の金額、先物取引に係る雑所得等の金額、土地等の譲渡所得の金額（特別控除前）、退職所得の金額、山林所得の金額を合計した金額をいいます（参考記事：「『合計所得金額』『総所得金額』『総所得金額等』の違いとは？」）。
２．ふるさと納税の概要
ふるさと納税制度は、上記１.(1)の特定寄付金のうち自分の選んだ自治体（都道府県・市区町村）、自分の住所地の都道府県共同募金会、自分の住所地の日本赤十字社支部などに対する寄附金で、所得税の寄附金控除（所得控除）と住民税の税額控除（住民税所得割額の20％相当額を限度）の両方を受けることができる制度です。
寄附金のうち、2,000円を超える部分について、一定限度額まで所得税と住民税から原則として全額が控除されます。
2,000円を除く全額が控除できる寄附金の限度額（ふるさと納税限度額）については、ふるさと納税に関する各種サイトでシミュレーションすることができます。
なお、確定申告が不要の給与所得者でふるさと納税先が5団体以内の場合は、「ふるさと納税ワンストップ特例」を選択することにより、確定申告をしなくても住民税の税額控除を受けることができます。
３．ふるさと納税ワンストップ特例の注意点
2015年（平成27年）4月1日以後に都道府県・市区町村に対して寄附金を支払った場合は、ワンストップで住民税の税額控除を受けられる特例制度が適用可能となりました。
適用対象者と適用要件、注意点は次のとおりです。
(1) 適用対象者（次のいずれにも該当）
① 寄附金を支出する年の所得税の確定申告義務がない者又は申告不要制度の適用を受ける者
② 住民税の寄附金税額控除を受ける目的以外に申告書の提出を要しない者
(2) 適用要件
① 地方団体に対する寄附が年間5以下であること
② 寄附の都度、ワンストップ特例申請書を地方団体に提出すること
(3) 注意点
① 同一年に同一の地方団体に複数回寄附をするときで寄附の都度申請を行う場合の地方団体のカウント数は1となります。
② 提出済の申請書の内容に変更があった場合（住所、氏名等の変更等）は、翌年1月10日までに寄附先の地方団体に変更届出書を提出します。
４．ふるさと納税制度の見直し
2019年度（平成31年度）改正では、ふるさと納税制度の健全な発展に向けて、一定のルールの中で地方公共団体が創意工夫することにより全国各地の地域活性化に繋げるため、過度な返礼品を送付し、制度の趣旨を歪めているような団体については、ふるさと納税の対象外にすることができるように制度が見直されました。
今後は、総務相が地方財政審議会の意見を聴いた上で、次の基準に適合する地方公共団体をふるさと納税の対象として指定されます。
(1) 寄附金の募集を適正に実施する地方公共団体
(2) （(1) の地方公共団体で）返礼品を送付する場合には、返戻割合が3割以下で地場産品とする地方公共団体
なお、制度の見直しは、2019年（令和元年）6月1日以後に支出される寄附金について適用されます。指定対象外の団体に対して同日以後に支出された寄附金については、特例控除の対象外となりますのでご注意ください。
※ 新制度の対象として指定されなかった大阪府泉佐野市、静岡県小山（おやま）町、和歌山県高野（こうや）町、佐賀県みやき町の4つの市町と、新制度利用を申し込まなかった東京都に寄付しても税制の優遇はなくなります。
（2019年（令和元年）5月14日更新）
※ 2020年（令和2年）6月30日最高裁第三小法廷判決（泉佐野市の逆転勝訴）を受けて、総務省は指定から除外していた大阪府泉佐野市、和歌山県高野町、佐賀県みやき町を指定してふるさと納税の特例控除の対象としました。
（2020年（令和2年）7月4日更新）