１．退職金支給時の源泉徴収
従業員の方に退職金を支給する場合には、その支給額から所得税及び復興特別所得税を源泉徴収しなければなりません。
源泉徴収の方法は、退職する従業員の方から「退職所得の受給に関する申告書」の提出を受けているかどうかにより異なります。
(1) 「退職所得の受給に関する申告書」の提出を受けている場合
退職金の支給額から下記算式で計算した退職所得控除額を控除した残額を2分の1にした額（1,000円未満の端数は切り捨てます。）が課税退職所得金額となります。
① 勤続年数が20年以下の場合
勤続年数×40万円（80万円未満の場合には80万円）
② 勤続年数が20年超の場合
（勤続年数－20年）×70万円＋800万円
上記算式において、長期欠勤や休職中の期間は勤続年数に含めますが、丙欄適用期間は除きます。また、勤続年数に1年未満の端数があるときは1年に切り上げます。さらに、障害者になったことに基因して退職した場合は、上記の金額に100万円を加算します。
ここで計算した課税退職所得金額に、「退職所得の源泉徴収税額の速算表」の「税額」欄の算式に従い計算した額が、源泉徴収する税額になります。
(2) 「退職所得の受給に関する申告書」の提出を受けていない場合
退職金の支給額に20.42％の税率を乗じて計算した額を源泉徴収します。この場合、退職金を受給した従業員ご本人が確定申告をして、(1)と同様の計算を行い源泉徴収税額を精算することになります。
２．退職所得を確定申告して所得税の還付を受ける
上記１(1)のように、退職金の支給を受けた人で、その勤務先に「退職所得の受給に関する申告書」を提出した人については、源泉徴収だけで課税関係が完結し、退職所得に関しての確定申告は原則不要とされています。
しかし、「退職所得の受給に関する申告書」を提出した人でも、以下のように確定申告することによって所得税の還付を受けることができます。
(1) 控除しきれなかった所得控除額を退職所得から差し引くための確定申告
退職所得以外の所得の合計額が所得控除の合計額未満である場合には、控除しき
れなかった所得控除の額を退職所得の金額から差し引くことによって、所得税の還付を受けることができます。
例えば、給与所得が129万円（給与収入は210万円）、所得控除額が139万円（配偶者控除38万円、特定扶養控除63万円、基礎控除38万円）の場合には、給与所得の金額から控除することができない所得控除額10万円（139万円―129万円）を退職所得の金額から差し引くことによって、所得税の還付を受けることができます。
(2) 退職所得で損益通算を受けるための確定申告
損益通算とは、不動産所得、事業所得、山林所得及び譲渡所得等の金額の計算上
生じた損失の金額を、一定の順序に従い他の所得の金額から差し引くことをいいま
す。
退職所得は、国内の銀行預金の利子所得のような源泉分離課税とされている所得と違い、源泉徴収だけで課税関係が終わり確定申告できないものではありません。その年に事業所得等の損失がある場合には、確定申告をして損益通算を受けることができます。
例えば、給与所得が129万円、事業所得の損失が139万円の場合には、事業所得の損失のうち給与所得の金額から引ききれない10万円が退職所得の金額から控除されます。その結果、給与所得と退職所得につき源泉徴収された所得税の還付を受けることができます。